Õppe- ja kasvatustegevus on korraldatud traditsiooniliselt ja kõiki õppeaineid õpitakse kogu õppeaasta vältel.
Tallinna Heleni Koolis õpetatakse põhikooli riikliku õppekava, põhikooli riikliku lihtsustatud õppekava lihtsustatud ja toimetuleku õppe alusel. Vajadusel koostatakse õpilastele individuaalne õppekava.
Klassi täituvuse ülemine piirnorm on:
- meelepuuetega laste põhikooliklassis kuni 6 õpilast;
- kõnepuudega laste põhikooliklassis kuni 12 õpilast;
Kool võimaldab põhiharidust omandaval õpilasel tasuta kasutada vähemalt kooli õppekava läbimiseks vajalikke õpikuid, tööraamatuid, töövihikuid ja töölehti.
Õppeaasta algab 1.septembril ja lõpeb 31. augustil. Õppeaasta koosneb õppe- ja eksamiperioodist ning koolivaheaegadest.
Õppeperioodi arvestusühikud on õppetund, õppepäev, õppenädal, trimester ja poolaasta. Õppeperioodis on vähemalt 175 õppepäeva (35 nädalat). Ühes õppenädalas on viis õppepäeva. Õpilaste nädalakoormus õppetundides määratakse kooli õppekavaga. Õppetunni pikkus on 45 minutit. Õppetunnid toimuvad koolis või kooli territooriumil, aga ka väljaspool kooli ekskursiooni või õppekäiguna. Vahetunni pikkus on 10 minutit, söögivahetunni pikkus 25 minutit. Õppetundide arv ja nende järjekord õppepäevas määratakse tunniplaanis, mille kinnitab kooli direktor.